中国生物制品学杂志

2019, v.32(08) 874-879

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奶牛microRNA-205靶基因及调控网络的精细预测分析
Predictive analysis of target genes and involved regulatory network of cow microRNA-205

沈冰蕾;韩硕;刘娟;邹紫雯;李鑫丽;罗林;武瑞;赵志辉;

摘要(Abstract):

目的预测奶牛microRNA-205(bta-miR-205)候选靶基因,对其进行生物信息学精细分析,构建候选靶基因参与的调控网络。方法应用miRBASE、Targetscan和miRWalk软件预测其候选靶基因,经Gene Ontology、Panther、STRING和DAVID软件进行功能注释、分类统计、蛋白质互作及KEGG通路注释和富集分析,通过Cytoscape软件绘制靶基因可能重点参与的调控网络。结果 miR-205基因成熟区序列高度保守,共筛选出288个bta-miR-205候选靶基因,其参与的主要生物进程是细胞过程、代谢过程和生物调控,主要参与形成细胞器等细胞组分,主要分子功能是结合、催化作用。MAPK3等多个候选靶基因存在基因共表达和蛋白互作关系,参与免疫系统、适应性免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径显著富集在鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路。结论 bta-miR-205的候选靶基因MAPK3等可能通过参与免疫系统、基因表达(转录)、抗原加工等反应途径及鞘脂、甲状腺激素、PI3K-Akt等信号通路,在奶牛炎症疾病抗性、生殖及发育过程调控中发挥重要作用。

关键词(KeyWords): 奶牛microRNA-205;靶基因预测;调控网络;信号通路

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金(31472249,31772562);; 中国博士后科学基金项目(2018M631970);; 黑龙江省博士后启动基金项目(LBH-Z16166);; 黑龙江省教育厅科学技术研究项目(12521365);; 黑龙江八一农垦大学校青年创新人才项目(CXRC-2016-06);黑龙江八一农垦大学博士启动基金项目(XDB-2017-06);; 黑龙江省牛病防制重点实验室开放课题(PCBD201708)

作者(Author): 沈冰蕾;韩硕;刘娟;邹紫雯;李鑫丽;罗林;武瑞;赵志辉;

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